Sebagai sebuah institusi pendidikan, SMA Kolese Gonzaga menyelenggarakan banyak kegiatan yang ditujukan untuk semakin mengembangkan para murid, baik di bidang akademis maupun humaniora. Kegiatan-kegiatan tersebut diselenggarakan sepanjang tahun ajaran, dan dikelola sedemikian rupa sehingga diharapkan bias mencapai tujuan yang sudah ditetapkan.

Salah satu kegiatan yang diselenggarakan pada awal Tahun Pelajaran 2016-2017 adalah Masa Pengenalan Lingkungan Sekolah (MPLS). Kegiatan MPLS diselenggarakan pada tanggal 18, 19, dan 20 Juli 2016 dengan melibatkan seluruh Civitas Akademika SMA Kolese Gonzaga; Kepala Sekolah,Para Wakil Kepala Sekolah, para guru, dan para murid Kelas XI dan XII. Kegiatan MPLS ini bertujuan untuk membantu para murid baru untuk lebih mengenal situasi SMA Kolese Gonzaga; peraturan, fasilitas, kegiatan, dan lain-lain, sehingga para murid Kelas X diharapkan bisa segera menyesuaikan diri dengan kehidupan dan suasana di SMA Kolese Gonzaga. Seluruh rangkaian acara MPLS diakhiri dengan pelantikan para murid baru yang ditandai dengan penyiraman air di kepala para murid Angkatan 30 oleh Kepala SMA Kolese Gonzaga, Pater Leonardus E.B. Winandoko, SJ., M.Ed. Acara pelantikan yang diselenggarakan di Sport Hall SMA Kolese Gonzaga ini dihadiri oleh Keluarga Besar SMA Kolese Gonzaga; para guru dan karyawan, murid Kelas XI dan XII, dan juga para alumni.