Moderator Kolese Gonzaga dijabat oleh Seorang Pater Yesuit. Peran Moderator di dalam struktur pendidikan kolese bukanlah semata-mata Wakil Kepala Sekolah Bidang Kesiswaan, tapi terlebih sebagai sahabat dan pembimbing rohani bagi para siswa untuk membentuk dirinya menjadi manusia bagi sesama: men and women for others.

Moderator Kolese Gonzaga pada tahun ajaran 2018/2019 adalah Pater Gerardus Hadian Panamokta, S.J..

Beliau dibantu oleh para stafnya:

1. Frater Agustinus Daryanto, S.J. (Staf Moderator I/Campus Ministry dan Koordinator Ekstrakurikuler)
2. Johanes Saut Maruli (Staf Moderator II/Kedisiplinan)
3. Ibu Boima Turnip (Staf Administrasi Moderator)
4. Ibu M.M. Endah Triwulan Suryaningsih (Pendamping Senat SMA Kolese Gonzaga)