Pada akhir tahun, Kolese Gonzaga memberikan penghargaan berupa Gonzaga Awards kepada setiap siswa yang memenuhi kriteria untuk mendapatkan penghargaan tersebut. Penghargaan ini diberikan bersamaan dengan acara graduation. Adapun penghargaan yang diberikan adalah:

1. Leadership Award

Penghargaan diberikan kepada siswa yang memiliki keunggulan di bidang kepemimpinan. Mampu menjadi pemimpin yang efektif, bertanggungjawab, reflektif dan afektif.

2. Social Concerns Awards

Penghargaan diberikan kepada siswa yang mampu menjadi motor penggerak kegiatan sosial di Kolese Gonzaga, memiliki kepekaan sosial dan kemampuan berbelarasa (compassion) dengan orang lain melalui pemikiran dan perilakunya.

3. Arts Awards

Penghargaan diberikan kepada siswa yang mampu menerjemahkan hal-hal konkret hidup harian ke dalam bentuk-bentuk karya seni (seni suara, tari, mural, lukis, dll)

4. Science Awards

Penghargaan diberikan kepada siswa yang mampu menjadikan tanda kebanggaan bagi Kolese Gonzaga karena kompetensi akademis yang dimiliki melalui keikutsertaannya dalam berbagai macam kejuaraan akademis di tingkat lokal, nasional dan internasional.

5. Library Awards

Penghargaan diberikan kepada siswa yang memiliki kegemaran membaca dan keinginan untuk menempa diri terus menerus melalui kegiatan yang berkaitan dengan perpustakaan, aktif memanfaatkan waktu luang untuk membaca dan mencari informasi melalui perpustakaan.

6. Sports Award

Penghargaan diberikan kepada siswa yang memiliki prestasi di bidang olah raga.

7. Gonzagawan/Gonzagawati Awards

Penghargaan diberikan kepada siswa yang mampu meneladan semangat-semangat santo Aloysius Gonzaga, memiliki kepekaan sosial yang tinggi, terlibat dalam berbagai macam kegiatan sosial, memiliki kompetensi akademis dan keterbukaan untuk membangun dialog, memiliki kemampuan kepemimpinan yang dapat diandalkan. Singkatnya, mereka yang berjuang sekuat tenaga untuk menghidupi semangat Gonzaga.

8. Academic Awards

Penghargaan ini diberikan kepada siswa yang memiliki prestasi akademis secara konsisten sejak kelas X sampai kelas XII. Usahanya untuk membentuk diri menjadi pribadi yang kompeten disertai semangat kerja keras terbukti dari prestasi akademis yang diraihnya sejak awal hingga akhir tahun pelajaran. Penghargaan diberikan pada tingkat kelas, angkatan, dan prestasi Nilai Ujian Nasional.